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文章提出了包括胚乳效应和母体效应的胚乳性状QTL定位的统计方法，该方法的实验设计是分子标记基因型信息来自F2母体植株和F3种子胚（或植株），胚乳性状表型值来自F3单粒种子胚乳，称之为两步等级设计。同时，用计算机全面模拟以验证该模型的可行性，模拟结果表明，只要群体足够大，该模型能较有效地进行胚乳性状QTL定位并精确地估计出胚乳QTL的各种遗传效应和母体效应。