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直接对生物序列进行频繁模式挖掘会产生很多冗余模式，闭合模式更能表达出序列的功能和结构。根据生物序列的特点，提出了基于相邻闭合频繁模式段的模式挖掘算法-JCPS。首先产生闭合相邻频繁模式段，然后对这些闭合频繁模式段进行组合，同时进行闭合检测，产生新的闭合频繁模式。通过对真实的蛋白质序列家族库的处理，证明该算法能有效处理生物序列数据。