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云开变质岩区隐蔽有两个不整合面，其分别代表华夏运动与晋宁运动。上隐蔽不整合面处在海西期中－深层次的绿片岩相滑脱拆离带中，上、下岩系构成非递增变质相系；下隐蔽不整合面处在晋宁期深层次的角门岩相沿脱拆离带中，上、下岩系构成递增变质相系。以原始露头、生物化石和同位素年龄等资料建立的云开变质岩地层往依次为早元古代天堂山群、中一晚元古代云开群、寒武纪八村群、奥陶系及志留系。