【摘 要】
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目的 借助随机森林算法筛选绝经后骨质疏松症与2型糖尿病关联microRNA,通过生物信息学分析其调控作用.方法 从GEO数据库获取绝经后骨质疏松症与2型糖尿病患者基因芯片数据,使用随机森林算法筛选与两疾病关联性较高的miRNA,通过表达量差异分析、ROC验证筛选出关键miRNA;通过Targetscan、miRWalk2.0和DIANA TOOLS等数据库预测靶向基因,构建关键miRNA-靶向基因调控网络,使用DAVID6.8进行GO、KEGG富集分析.结果 从GEO数据库获取GSE70318芯片数据,随
【机 构】
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广州医科大学附属中医医院骨伤科,广东 广州510000
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目的 借助随机森林算法筛选绝经后骨质疏松症与2型糖尿病关联microRNA,通过生物信息学分析其调控作用.方法 从GEO数据库获取绝经后骨质疏松症与2型糖尿病患者基因芯片数据,使用随机森林算法筛选与两疾病关联性较高的miRNA,通过表达量差异分析、ROC验证筛选出关键miRNA;通过Targetscan、miRWalk2.0和DIANA TOOLS等数据库预测靶向基因,构建关键miRNA-靶向基因调控网络,使用DAVID6.8进行GO、KEGG富集分析.结果 从GEO数据库获取GSE70318芯片数据,随机森林算法筛选重要性排名前10位的miRNA进行表达量差异分析,其中4个miRNA表达量显著差异,ROC验证后获得关键miRNA为hsa-miR-369-3p.数据库预测获得hsa-miR-369-3p的44个靶向基因,主要富集于细胞外基质组织、细胞锌离子稳态、染色质结合、矿物质吸收、代谢途径等GO过程及KEGG信号通路.结论 通过挖掘基因芯片数据,借助随机森林算法筛选出关联绝经后骨质疏松症与2型糖尿病的关键miRNA hsa-miR-369-3p.hsa-miR-369-3p可能通过调控靶向基因所参与的生物学过程、分子信号通路,介导骨代谢与内分泌代谢活动,发挥关联调控绝经后骨质疏松症与2型糖尿病的作用.
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