“十三五”以来，长江干流水体中总磷浓度达标，但中上游支流和中下游湖泊水体中的总磷超标明显，总磷已经成为长江流域水体主要污染指标。尤其是长江上游梯级水库的建成运行，改变了水沙条件，颗粒态磷大幅减少，溶解态磷有所增加，磷输移形态的改变加剧了中下游的总磷问题，并产生了系列生态环境效应。上游支流水体中磷的输入加速了梯级水库水体中磷的累积，水质污染和富营养化潜在风险增加；中下游颗粒态磷减少改变了磷形态的分布，增加了环境脆弱性；下游浅水湖泊水体中磷超标驱动了内源循环，加速了湖泊富营养化过程；长江入海磷通量剧减，将对近岸水域生态环境产生深远影响。针对长江总磷问题开展了分析研究，结果表明：（1）应对磷输入源头采取控制措施，诸如加强“三磷”问题治理，遏制中上游重点支流的磷超标趋势，同时要加快城镇污水收集/处理基础设施建设，完善农业面源管控和湖泊生态修复体系，控制中下游磷排放源；（2）应当实施上游梯级水库群泥沙联合调度，减少库内淤积，增加输沙能力以及增加中下游颗粒态磷水平和磷入海通量；（3）建议完善总磷监测的标准方法，强化全沙总磷的监测，磷浓度和通量监测并重，以便为长江总磷管控提供科学系统的数据支撑。