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河南省自主创新体系具有四个功能：创新基础设施的建设功能、创新制度的建设功能、创新资源的优化配置功能和创新活动的执行功能。该体系四大功能相互联系，紧密结合，任何一部分功能的失效都将影响整个体系功能的全面发挥。其中，创新基础设施的建设功能和创新制度的建设功能是自主创新体系最基本的两个功能，创新活动的执行功能为实现我省经济跨越式发展开辟了新的思路。