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公共卫生学院的前身是创建于1983年的原大理医学院卫生学教研室。2003年3月大理学院与云南省地方病防治研究所以“院所合作办学”模式共建了预防医学系，2004年4月更名为公共卫生学院。学院下设流行病学与卫生统计学、劳动与环境卫生学、营养与食品卫生学、卫生检验学教研室及预防医学综合实验室。学院现有预防医学本科专业、卫生检验本科专业和流行病与卫生统计学硕士学位授权点。学院从2002年到现在共招收本科生337人，研究生14人（含韩国研究生1人）。