生境破碎化和生物过程的阻断是城市区域生物多样性面临的主要威胁。当前以物种为中心的生物保护规划对区域生境格局关注不足,而景观导向的思路缺乏生物过程考虑。随着保护生物学、景观生态学及景观规划的发展,将物种生物过程与生境格局相结合的综合方法日益得到认可。台州是中国东南沿海快速城市化区域,具备丰富的生物资源,但近年的分散城市化和大规模基础设施建设造成严重的生境破坏和物种丧失问题。本文以2种鸟类作为指示物种,将其生物过程信息与区域景观格局设计相结合:黑嘴鸥作为典型迁徙候鸟,季节性停留于当地泥质滩涂,其生物行为可视作一种垂直生境选择过程;白茎长尾雉作为本地重要留鸟,其生物过程兼有垂直生境选择和水平迁移。利用景观适宜性和景观安全格局方法从垂直和水平过程对指示物种适宜生境进行判别,并叠加构建城市区域综合生物保护基础结构,为类似地区提供参考。