生态环境损害赔偿制度是我国生态文明体制改革的重要组成部分,其发展过程体现出"渐进型"的法治发展道路,具有鲜明的中国特色。然而,目前生态环境损害赔偿制度将"物权化"的自然资源国家所有权作为理论渊源,在法理基础和科学基础上均存在不足,也不符合国务院机构改革的最新趋势;在实践中,生态环境损害赔偿面临着与其他制度的冲突与重叠难题。基于生态环境损害的公共性特质,应当从宪法的高度和法律秩序的整体角度加以重新审视。国家环境保护义务和作为"公权"的自然资源国家所有权共同构成了生态环境损害赔偿制度的宪法依据,是我国生态文明建设新形势下实现国家环境保护义务的新方式、新途径。国家权力的多元化行使方式,为生态环境损害赔偿制度的争议问题提供了具有理论一贯性和逻辑一致性的解释,对该制度的进一步完善指明了路径。