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高等学校法人制度以高等学校的基本组织属性为价值基础,应当是一项契合高等学校自主性和公共性的法律制度,其内部价值冲突的整合模式包括自主性本位、公共性本位以及自主性和公共性冲突整合三种。我国高等学校法人制度在价值基础方面选择了自主性本位整合模式,并呈现出市场自主性的偏向。其问题表现为：缺乏高等学校自主运转的必要保障机制安排,导致保障高等学校自主性的制度目标未能达成;忽视高等学校的公共机构身份,导致高等学校公共性危机的产生。对其进行改革的应然选择是建立第三部门视野下的高等学校法人制度。