抗战前夕,陈寅恪与傅斯年在内阁大库档案的整理、国史主研领域的确定、史语所历史组主任的请辞及对双方史学贡献的评价等问题上发生龃龉,两人关系有所失谐。抗战初期,陈寅恪曾受聘牛津大学汉学讲席,由于中英关系的波折,不仅赴英未果,而且滞留港大。虽然傅斯年对陈寅恪此举略有微词,但日军侵港后,他仍积极斡旋,使陈寅恪得以离港内渡。然而,陈寅恪到达桂林以后,由于身体及资金等因无法按期入川。对此,傅斯年颇表不满。抗战后期,陈寅恪病眼燕大,仍由傅斯年出面沟通上下,筹措资金,但结果难如所期,陈寅恪左眼全废的命运无法避免,两人关系再次投下阴影。抗战胜利后,陈寅恪由英返国,没有留在南京史语所,而是北上清华。由此,两人关系日渐疏离。结果,陈寅恪南下岭表初期,虽有赴台之想,却避开傅斯年而联络他途。此举象征着两人关系发生重大转折。虽然如此,陈寅恪对傅斯年猝死台岛还是颇有遗憾之感。