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对中药药性理论现代研究中数据分析工作的方法学框架进行了归纳。认为数据分析挖掘工作的总体目标是科学解析中药性-效-物质关系的表达特征,合理推断其总体规律性,归纳中药药性判别要素、配置模式及其体系框架。工作指导原则包括根据数据特点和研究要求制定研究方案、根据数据类型和分析功能选择相应分析方法、注重生物信息学类相关数据的分析挖掘、注重药性表达数学模型的研究创建四方面。同时,对中药药性-药效-物质关系贝叶斯模型构建的可行性进行了分析研究,对9种目前常用数据分析方法进行了分析总结。