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近年国内关于基金论文比作为科技期刊评价指标一直存在极大争议。为了客观评价基金论文比在科技期刊评价中的作用,选取2009年SCI数据库收录眼科学期刊和论文为研究对象,对基金论文与非基金论文的被引率和篇均被引频次、期刊基金论文比与影响因子、5年影响因子、特征因子和零被引论文率的关系做了统计分析。向全球8525个眼科医生发放E-mail问卷调查表,对每个SCI眼科学期刊打分、排序,并与期刊基金论文比排序进行相关分析。按照被引频次高低,将所有论文分为4组,被引频次≥10的论文为Ⅰ组,5～9者为Ⅱ组,1～4者为Ⅲ组,零被引论文为Ⅳ组,计算4组论文的基金论文比,并进行统χ2检验。结果显示,2009年45种眼科期刊共发表论文7319篇,被引用6280篇,零引用1039篇,被引频次47333,论文被引率为85.80%,篇均被引6.467次。各种基金资助论文3110篇(42.49%),被引用2899篇,被引频次25404,论文被引率93.21%,篇均被引8.168次;无基金资助论文4209篇,占总论文的57.50%,论文被引率为80.33%,篇均被引5.21次。经Spearman相关检验,基金论文比与影响因子、5年影响因子、特征因子的相关系数分别为0.619、0.523和0.624,与问卷调查的相关系数为0.462。Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组基金论文比分别为57.15%、51.51%、37.29%和20.31%,Ⅰ与Ⅱ、Ⅱ与Ⅲ、Ⅲ与Ⅳ组相比,χ2值分别为10.542、90.409和100.630(均为P<0.001)。因此认为,无论是论文被引率还是篇均被引频次,基金论文均明显高于非基金论文;期刊基金论文比与影响因子、5年影响因子、特征因子及读者调查得分均呈显著正相关;高被引频次组的论文其基金论文比明显高于低被引频次组论文。显然,基金论文比作为科技期刊评价指标是科学合理的。