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【目的】更好地发掘内生菌资源,建立有效的植物内生放线菌分离方法。【方法】比较不同消毒剂和消毒程序、样品预处理、选择性分离培养基等分离内生放线菌的效果,通过形态及16S rRNA基因序列分析进行菌种鉴定。【结果】用5%的次氯酸钠处理样品4?7 min消毒效果最好;100°C处理样品15 min能较好地减少真菌和细菌的干扰。丙酸钠、琥珀酸钠等培养基分离放线菌出菌率较高且类群多样性丰富。【结论】植物样品表面消毒干燥后,100°C处理15 min,用无菌搅拌杯打碎,直接撒植物于分离培养基中的分离方法效果较好。