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消化性溃疡病也可以认为是一种与感染有关的疾病，因为根除幽门螺旋杆菌后溃疡不易复发，而且可以减少其并发症，所以对消化性溃疡的治疗除了针对攻击因子－胃酸而采用抑制药之外，还必须针对幽门螺杆菌治疗，即系采用相应的抗菌药物，常用的抗菌药物有阿莫西林，地红霉素，四环素，甲硝唑，替硝唑，呋喃唑酮等。目前在研究表明，质子泵抑制剂（奥美拉唑，兰索拉唑等）也有抗菌活性，此外铋制剂对幽门螺旋杆菌也有很强的杀灭作用。由