目的建立以百日咳鲍特菌重复插入序列(Insertion Sequences481 and 1002,IS481,IS1002)双目标基因检测为特点的荧光定量聚合酶链反应(Polymease Chain Reaction,PCR),用于检测百日咳鲍特菌核酸,探讨在百日咳鲍特菌诊断中的应用意义。方法针对百日咳鲍特菌的重复IS481及IS1002基因保守区域设计特异性引物、羧基荧光素与小沟结合基团(5-Carboxy Fluorescein-Aminohexyl Amidite-Minor Groove Binder,TaqMan-MGB)荧光探针,做为双目标基因检测、筛选并优化荧光定量PCR反应体系与反应条件,并通过体外克隆技术建立百日咳鲍特菌双目标基因定量分析模型。结果引物与探针的优化浓度分别为600毫摩尔/升(mmol/L)和200mmol/L,与其他呼吸道菌均无交叉反应,具有良好的特异性。应用重组质粒绘制的标准曲线循环阈值(CycleThreshold,Ct)与模板浓度具有良好的线性关系,方法检测灵敏度为102拷贝/微升(Copies/l),标准曲线线性范围为103～107Copies/l。用荧光定量PCR检测50例百日咳病例标本,阳性45例,包括PCR方法检测阴性5份。结论建立的双目标基因实时荧光定量PCR方法特异、敏感、快速,为百日咳鲍特菌的早期快速检测提供了技术支持。