矮小同源盒基因(SHOX)突变是儿童身材矮小的重要原因。贵州矮马的体高和前膊长较小,但不清楚马基因组中是否有SHOX基因。本研究采用PCR和RT-PCR方法 ,从贵州矮马血液和心脏中克隆SHOX基因F1和F2片段;经测序研究贵州矮马SHOX基因的多态性。结果表明:从贵州矮马基因组中克隆到F1片段279 bp,从心脏总RNA逆转录得到F2片段216 bp,分别对应于人SHOX基因外显子2和外显子3区域;片段F2编码72个氨基酸,其中Ser16为磷酸化位点,且含有DNA结合结构域N端的45个氨基酸;片段F1对应于马参考基因组未定位的Scaffold 118中,推测马SHOX基因可能位于X染色体的短臂末端;从SHOX基因2个片段的序列中找到6个变异位点,但贵州矮马群体中各SNP位点的分布频率与伊犁马之间没有明显差异;矮马个体中存在SHOX基因的单核苷酸变异,可能参与骨的发育调节。本研究结果表明,马基因组中存在SHOX基因,且有转录活性,SHOX基因外显子2和3的序列保守,基因的变异可能参与个体的骨发育调节。