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国库集中支付制度将财政部门、高校和支付银行关联起来,加强了财政部门对下拨财政资金的监管,提高了财政资金的使用效率和透明度。此项改革在高校的推行,是对高校财务原有管理模式的重大改革,具有许多积极作用。改革对高校的财务能力也产生了较大的冲突和影响,高校的独立法人性质及其特点是问题产生的主要原因。无论是政府还是高校层面都应针对产生的问题,采取有针对性的政策和改进措施。