【目的】明确新疆北部棉花主要病原菌及其分布,为新疆棉花数据库的建立提供数据,为棉花主要病害的高效防控提供依据。【方法】针对棉花主要根茎部病害从新疆北部9个市县级(含附近团场)采样区域中广泛采集病株,利用4种病害(枯萎病、立枯病、黄萎病和红腐病)各自的病原菌的特异性引物进行PCR检测。【结果】从9个采样区域,共72份以村(连)为单位的混合病样中,普遍或较普遍地检测到4种病害的病原菌,但各病原菌检出率有较大差异。其中,尖孢镰刀菌的检出率较高,为84.72%;立枯丝核菌次之,为56.94%;大丽轮枝菌和串珠镰刀菌检出率相对较低,分别为45.83%和37.50%。【结论】在所有采样区域中尖孢镰刀菌及所引起的枯萎病分布最为普遍,立枯丝核菌及所引起的立枯病次之,2种病原菌及所致病害在各采样区域的大多数村(连)都有分布;大丽轮枝菌及所引起的黄萎病在各采样区域以及近半数的村(连)有分布,串珠镰刀菌及所引起的红腐病分布不广,有明显的区域性,仅个别采样区域有较高频的分布。