宏转录组是指在特定条件或时空,群落中所有微生物基因转录本的总和,可用于衡量活菌群落宏基因组的表达水平,筛选出高表达活性功能基因和微生物。研究基于宏转录组学技术建立分析自然发酵豆酱中活菌群落的方法,并对比分析豆酱在发酵初期和末期的活菌群落结构及功能。首先通过比较,确立在4℃条件下,离心5 min(8000r/min)后弃上清的样品预处理方法,其所提取的RNA质量浓度纯度和总量更高。高通量测序结果表明,细菌在酱醪发酵阶段起主导作用,主要的细菌属为四联球菌属(Tetragenococcus)和乳杆菌属(Lactobacillus)。真菌仅在发酵初期有一定丰度,发酵末期时丰度很低。菌群功能主要集中在碳水化合物和氨基酸的代谢,且大多富集在发酵末期。试验结果在物种和功能层面上具有一致性,为揭示豆酱发酵过程中真正发挥作用的微生物和优良发酵菌种的选育提供新的研究方法和技术支持。