【摘 要】
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为了对生防细菌绿针假单胞菌的基因组信息进行深入探索,全面描述绿针假单胞菌的特征并挖掘其次级代谢产物,从NCBI数据库中获得46个绿针假单胞菌的基因组,利用泛基因组分析软
【机 构】
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山西农业大学果树研究所,山西农业大学生命科学学院
【基金项目】
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山西省农业科学院科技自主创新能力提升工程项目(2017zzcx-22),山西省基础研究项目青年基金(2015021164),山西省农业科学院特色农业技术攻关项目(YGG17117)
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为了对生防细菌绿针假单胞菌的基因组信息进行深入探索,全面描述绿针假单胞菌的特征并挖掘其次级代谢产物,从NCBI数据库中获得46个绿针假单胞菌的基因组,利用泛基因组分析软件和次级代谢产物挖掘软件对其进行分析。结果表明,46株菌的基因组大小在6.61~7.23 Mb,GC含量为62.0%~63.2%,共分为4个亚种,在进化树上被归为4个分支;泛基因组分析发现,其含有13296个基因家族,其中,核心基因家族有3653个,特有基因家族有3968个。次级代谢产物合成基因簇预测分析发现,46个绿针假单胞菌基因组中有2
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