为配合全国抗战，杨靖宇指挥东北抗联第1路军在东南满积极开展游击战争，使日伪统治当局不得安宁。因而，日本侵略者视杨靖宇领导的抗联1路军为满洲“治安之癌”。为铲除这个“心腹大患”，他们对杨靖宇领导的抗联1路军展开疯狂的“讨伐”。1939年9月，日伪当局制定了1939年至1941年3月的《东边道治安肃正计划》，并于同年10月调集日伪警宪6万余兵力，开始了对抗联第1路军活动的伪间岛省（今延边地区）、伪通化省和伪吉林省等三省实施重点“讨伐”。在军事“讨伐”的同时，日伪当局进一步推行“集团部落”制度和《暂行保甲法》，强化“匪民分离”策略，企图从根本上割断人民群众与抗联的联系，断绝抗联第1路军的军需物品供应途径。同时，还成立了侦搜队、侦谍班等特种警察部队，为“讨伐队”确定“讨伐”目标，诱降抗日队伍中不坚定分子，瓦解抗日队伍等。在敌人多重进攻面前，英勇的抗联第1路军将士们毫不畏惧，他们在中共南满省委的领导下，在杨靖宇、魏拯民等人的直接指挥下，开始了抗联第1路军历史上最为艰苦卓绝的斗争。
　　针对敌人的大规模军事行动，1939年10月，杨靖宇和魏拯民在桦甸县头道溜河主持召开军事会议。会议决定抗联第1路军各部化整为零，分散作战，坚持长白山区抗日游击区的斗争。
　　头道溜河会议后，杨靖宇指挥第1路军总部警卫旅、机关枪连和特卫排400余人先后转战在桦甸、濛江、临江、金川等县境内，并于11月至12月间与抗联第1路军第1、2方面军各部取得了联系，向他们传达了头道溜河会议精神。
　　1939年12月16日，第2方面军第7、8团联合攻打了敦化县六棵松林场，歼灭伪森林警察70余人，缴获4挺机枪和大批枪支弹药及军需用品，解放了500多名林场工人。战斗结束后，近百名工人参加了抗日联军。在六棵松战斗中，第7团团长吴仲洽英勇牺牲。1940年3月25日，第2方面军主力在和龙县红旗河附近，伏击日伪军“讨伐”队，击毙日军前田中队长以下78人，击伤31人，俘虏30多人，缴获机枪6挺以及大批粮食弹药。
　　以陈翰章为指挥的抗联第1路军第3方面军，继续在东满和吉东地区坚持斗争。第3方面军第13团转战在汪清、安图、桦甸和吉东的东宁等地。1939年10月间，该团曾在桦甸县寒葱沟围歼敌人一个团。12月，第13团又在安图县荒沟岭伏击敌人军车，击毙日军宪兵队长，俘虏了全部伪宪兵，缴获各种枪支100余支和大量军需用品。第3方面军第14团于1939年10月突袭额穆县额穆镇伪警察署，毙伤日军指导官以下50多人，缴枪50多支及许多物品。不久，第14团于小青顶子再次伏击敌人，歼灭日军德宏“讨伐队”70余人。第3方面军第15团主要随陈翰章指挥的第3方面军指挥部活动。1939 年12月，陈翰章指挥第15团攻打汪清县百草沟敌据点，将一个营伪军全部缴械，缴获了大批弹药和军需用品。
　　在抗联第1路军最艰难困苦的时期，英雄的抗联将士们没有鞋穿，就用破布、棉絮裹脚;没有粮吃，就用野菜、樹皮充饥;居无定所，就以天当房子地作炕;没有枪支弹药补给，就用鲜血和生命向敌人“索取”！在1939年仅仅一年时间里，抗联第1路军与敌人的交战次数就达540余次，其中抗联第1路军各部队主动寻击歼敌次数占百分之六十以上。
　　在数百次的浴血战斗中，抗联第1路军对敌人的打击是相当沉重的。但是，面对数十倍、百倍于我的敌人以及东北特殊的自然环境，抗联第1路军的将士们也付出了无数宝贵的生命代价。
　　1940年2月23日，抗联第1路军总司令杨靖宇壮烈牺牲;1940年4月8日，抗联第1路军第1方面军指挥曹亚范在濛江县龙泉镇牺牲;同年12月8日，抗联第1路军第3方面军指挥陈翰章在宁安县小湾湾沟战斗中身负重伤后牺牲;1941年3月8日，中共南满省委书记、抗联第1路军副总司令魏拯民在桦甸县抗联密营病逝。魏拯民病逝后，抗联第1路军余部陆续撤入苏联境内。1945年，为配合苏军接收东北，为了祖国的彻底解放，他们又回国继续战斗。