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企业实行ERP系统，对原有手工业务流程的重新设计，在很大程度上改变了企业的业务流程。在ERP系统实施以前，许多企业基于计算机的业务系统，基本都是围绕某一业务功能或者是职能部门运行的，比如销售系统、采购系统和财务系统等。这些系统都不是基于跨部门的流程来设计的。ERP系统实现了从采购到付款、订单的获取到发票的开出等业务集成，实现了跨职能部门业务处理，对会计工作、内部审计工作提出了新的考验。