CUDA-TP：基于GPU的自顶向下完整蛋白质鉴定并行算法

来源 :计算机研究与发展 | 被引量 : 0次 | 上传用户：hzwn001

【摘要】

：

蛋白质及蛋白质翻译后修饰（post-translational modifications,PTMs）的鉴定是蛋白质组学研究的基础,对整个领域的进一步发展有着十分重要的意义.近年来,质谱设备的快速发展使得

【作者】

：

段琼田博陈征王洁何增有

【机构】

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大连理工大学软件学院,辽宁省泛在网络与服务软件重点实验室（大连理工大学）

【出处】

：

计算机研究与发展

【发表日期】

：

2018年7期

【关键词】

：

“自顶向下”蛋白质组学蛋白质鉴定图形处理器通用并行计算架构谱图比对 top down proteomicsprotein identificationg

【基金项目】

：

国家自然科学基金项目（61572094）,中央高校基本科研业务费专项资金（DUT14QY07）

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蛋白质及蛋白质翻译后修饰（post-translational modifications,PTMs）的鉴定是蛋白质组学研究的基础,对整个领域的进一步发展有着十分重要的意义.近年来,质谱设备的快速发展使得获取＂自顶向下＂（top-down,TD）的高精度完整蛋白质质谱数据成为可能.目前基于TD质谱数据的完整蛋白质鉴定算法虽然在匹配精度、PTM位点的推断上取得了一些成效,但它们运行时间还有很大的不足和提升空间.利用图形处理器（graphics processing unit,GPU）可以将大规模的重复计算并

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