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目的：探讨胃肠镜治疗消化系统疾病的临床疗效。方法选取本院2012年3月~2013年8月到本院进行治疗的146例消化系统疾病患者作为研究对象。随机将其分为对照组及观察组两组，每组73例，观察组患者行无痛胃肠镜治疗，对照组患者行常规胃肠镜治疗。分析对比两组患者胃肠镜检查结果的临床资料。结果对照组治愈率为20.5%，且检查及治疗过程中有明显的不适感；观察组治愈率达97.3%。结论常规胃肠镜及无痛胃肠镜均可准确地诊断出消化系统的病灶部位，但无痛胃肠镜解决了常规胃肠镜检查时给患者带来的痛苦，在消化系统疾病诊断及治疗中具有更高的应用价值。