1.播种后菌丝滞长 接种后菌丝生长不良，表现为菌种不萌发、不吃料，菌丝只在料面生长或出现萎缩现象。主要原因是：菇房内温度、湿度不当及通风不畅。解决方法：当菇房内温度较高时，要采取降温措施，使其达到22℃～25℃；若培育料表现偏干，可及时喷0.3％过磷酸钙或磷酸二氢钾溶液；若料面过湿，则要加强菇房通风；如菇房有氨臭时，要加大通风量，并在料面戳洞，排除氨气。
　　2.覆土后菌丝徒长 播种后菌丝生长过旺，料面形成一层致密不透水、不透气的“菌被”，主要是由高温、高湿引起。解决方法：当菌丝长出覆土层时，加强菇房通风，降低菇房内温度、湿度，早晚气温低时对料面进行适量喷雾，菌丝“结被”时用小刀或竹片及时剔除。
　　3.覆土层菌丝退化 覆土后3～5天菌丝不上土，呈灰白色，细弱，严重时料面见不到菌丝或发黑。主要是由覆土后喷水过多引起，造成菌丝缺氧萎缩。解决方法：停止喷水，加强通风。
　　4.死菇 出菇期成片或整茬菇萎蔫变黄，停止生长直至死亡。主要原因是温度过高，造成菇体营养倒流；菌丝生长过快，出菇较密，营养供给不上；菇房二氧化碳含量过高，氧气不足；菇棚温度较高（超过20℃），湿渡过大（超过95％），喷水后通风不及时，菇床积水缺氧。解决方法：适量接种，避免菌丝生长过旺，出菇过密，营养缺乏；覆土层含水量不要过高，喷水降温后要及时通风，避免菇床表面积水。
　　5.空心白根菇 菇柄疏松变白，以致收缩形成中空。主要原因是子实体生长阶段，空气干燥（湿度低于85％）和高温（超过18℃）。解决方法：白天及时喷雾，使空气相对湿度保持在90％，早晚喷水后及时通风，菇棚内温度保持在14℃～18℃。
　　6.硬开伞 菌盖过早开伞，导致产品的商品性差。主要原因：出菇初期突遇低温，温差大，菇房湿度偏低。
　　7.鳞片菇 菌盖龟裂形成磷片。主要原因：菇房内气温小于14℃，湿度小于80％，温差和干湿差过大。解决方法：加强保温措施，避免冷风攻击。
　　8.子实体不分化 有菇蕾而子实体未分化，没有形成菌盖和菌柄，只形成一个菌丝团。主要原因：子实体生长前期有适宜的环境条件，而后期环境条件不适宜；使用农药不当（如过量、滥施农药）。解决方法：保持菇房温度和湿度，加强通风换气；搞好菇房消毒和四周环境卫生，避免病虫害发生；合理使用农药。
　　9.锈斑菇 子实体出土后，菌盖表面产生褐色铁锈斑，影响双孢菇品质。主要原因：喷水后未及时通风，菇房空气湿渡过大，菇体表面长时间存在水滴。解决方法：经常保持菇房空气清新，喷水后及时通风散湿。