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畜禽粪便和生活污水是造成水体污染的主要因素之一.快速、准确地确定污染源对于水体污染防治尤为重要.近年来,基于线粒体DNA(mtDNA)种属特异性的污染物溯源技术已成为国际研究热点.本文综述了水体粪便污染的mtDNA溯源技术的理论基础及其应用进展,并通过与微生物溯源技术进行比较,分析了mtDNA作为溯源标记物的优势以及存在的问题,从而为实际环境水体中粪便污染的生物溯源工作提供参考.