为探究长期盐度胁迫条件下红螯光壳螯虾肠道基因表达和代谢通路的变化。实验采用Illumina Hiseq 2500平台对0、5、10和15 4个盐度下养殖5周的红螯光壳螯虾的肠道组织进行了高通量测序。研究共获76 534个unigenes，通过与NR、NT、KO、Swissprot、PFAM、GO和KOG数据库进行比对，成功注释37 378个unigenes。通过引入FPKM（Fragments Per Kilo bases per Million fragments）来估算基因表达水平，基于NR和Pfam两个数据库的蛋白注释结果，448 362个unigenes在GO数据库得到注释。根据KO功能注释与Pathway的联系，9 483个unigenes在KEGG数据库被注释分类到34条通路途径。通过DEGseq进行基因表达差异分析，以盐度0为对照组，显著差异基因筛选条件设置为Q value<0.05且差异倍数|Fold Change|>2，盐度5、10和15组分别获得差异基因2 733、91和236个，其中盐度5组共有2 068个基因显著上调，665个基因显著下调。将所有差异表达基因进行KEGG通路富集分析，盐度5、10和15组分别富集到265、80和120条通路，仅有盐度10和15组分别有一条显著富集的通路，均为军团杆菌病通路。经过鉴定，军团杆菌病通路显著下调，这与团队已有研究肠道菌群研究结果一致。表明红螯光壳螯虾在盐度胁迫下，可通过抑制潜在病原菌相关通路以及丰度，达到保护肠道避免外环境病原菌侵染的效果。此外，eEF1α、udp、UPP、ACTB＿G1、TUBA，TUBB、PFN、CALM等差异基因的变化说明盐度升高可显著影响红螯光壳螯虾肠道的细胞形态、细胞内物质运输和细胞内信号转导途径，但红螯光壳螯虾启动嘧啶补救合成途径可以修复尿嘧啶核苷酸比例失衡导致的遗传损伤。研究结果可为红螯光壳螯虾的半咸水养殖提供重要的理论支持，同时也可为深入研究红螯光壳螯虾盐度胁迫下的肠道免疫调控机制提供参考。