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本文在总结增值税免税和营业税免税区别的基础上,分析了免税政策对金融机构同业往来利息收入进项税、销项税核算的影响,以及免税政策对下环节进项抵扣的影响,并得出对金融机构同业往来恢复征收增值税,同时打开下道环节抵扣的限制,从降低纳税人核算成本、资金成本、遵从成本的角度看更为妥当,在制度设计层面也是较为适宜的选择的结论。