【摘 要】
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为了揭示椰子CnumiR156基因家族的进化过程和表达模式,对CnumiR156家族9个成员的序列进行生物信息学分析及靶基因预测,找出开花途径靶基因,并结合转录数据对这差异表达的CnumiR156和开花途径靶基因进行RT-qPCR验证。序列比对发现不同的前体序列可产生相同序列的成熟miR156;进化树结果表明,CnumiR156-1和CnumiR156-3的亲缘关系较近,CnumiR156-2和C
【基金项目】
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海南省重大科技计划项目(zdkj201902); 椰子重要农艺性状连锁分子标记的鉴定与应用(ZDYF2020215)共同资助;
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为了揭示椰子CnumiR156基因家族的进化过程和表达模式,对CnumiR156家族9个成员的序列进行生物信息学分析及靶基因预测,找出开花途径靶基因,并结合转录数据对这差异表达的CnumiR156和开花途径靶基因进行RT-qPCR验证。序列比对发现不同的前体序列可产生相同序列的成熟miR156;进化树结果表明,CnumiR156-1和CnumiR156-3的亲缘关系较近,CnumiR156-2和CnumiR156-5的亲缘关系较近,CnumiR156-4和CnumiR156-9的亲缘关系较近;靶基因预测结果表明,CnmiR156-3/-6的靶基因主要是SQUAMOS启动子结合蛋白家族;转录组数据结果分析得到,CnumiR156-3、CnumiR156-6、CnumiR156-9在‘本地高种’和‘黄矮’苗期的表达量要高于在其对应成熟期的表达,开花途径靶基因CnSPL(CCG024262.1)和CnSPL(CCG019030.1)在‘本地高种’和‘黄矮’ 成熟期的表达量要高于在其对应苗期的表达;CCG024262.1和CCG019030.1的定量结果与转录组结果基本相符。本研究通过生信分析与实验验证对CnumiR156和开花途径靶基因CnSPL的序列特征与表达模式进行分析,给CnumiR156和靶基因CnSPL的功能研究提供理论基础,为椰子的生物育种提供一个新的思路。
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