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吴文俊在进行数学机械化的理论创新过程中，对中国古代数学史进行了深入细致的研究，明确提出并示范了研究原则和方法，其中涉及科学史研究方法论的基本问题。从史学家克拉夫的观点看，吴文俊的案例研究表明，恢复规范本身是解释历史的基础，历时视角是提供历史客观性的方法论路径，科学史研究的目标应指向当下并涉及未来。另外，吴文俊的中西对比研究方法超越了线性科学史的研究方法；并且基于此所创立的数学机械化理论说明了中西数学两种研究和表述范式的等价性和可沟通性，也推动了数学的发展。吴文俊的研究方法论对当前科学编史学中的相对主义批判