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棕背（鼠平）（Myodes rufocanus）和红背（鼠平）（M.rutilus）的分布有重叠区且外形相似,在特定情况下存在种间区分困难,给两种鼠的数量调查带来不便和误判。本研究通过mtDNA控制区构建系统树、mtDNA控制区电泳和RAPD3种分子生物学方法有效地对棕背（鼠平）和红背（鼠平）已知的8个样本和16个待定样本进行了准确鉴定。其中,mtDNA控制区电泳进行种间区分的方法具有简便、准确而又快捷的优点。