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RNA二级结构预测问题是计算分子生物学中的一个重要问题．目前的RNA二级结构预测模型和算法都是把待测结构RNA的一级序列作为输入，仅根据输入的序列预测其二级结构．这样做丢失了待测RNA的类别信息，进而无法利用同类别RNA二级结构的保守性．在实际的生物学研究中，对于关心二级结构的RNA，其类别往往是已知的．本文提出一种新的RNA二级结构预测思路：结合类别信息、根据已知的近似形状细化RNA的二级结构．这种方法尤其适用于长度较短、保守性好的非编码RNA．该方法的一个关键问题是如何将一个序列按照近似的形状进行折叠