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根据高粱属核糖体基因转录间隔区(ITS)序列设计通用引物S9／S3，分别扩增了假高粱及其几个近似种的ITS区段，并对PCR产物进行了序列测定和分析。扩增的序列长度为559～564bp。序列分析的结果表明S．halepense、S．silk、S．vulgare×S．sudanense．S.vulgare、高粱S．bicolor等属于同一聚类组，亲缘关系比较近，同源性为97．9％～100％。S．nitidum和S．versicolor属于另一个聚类组，亲缘关系比较近，同源性为97．7％。S．hale