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由于信息技术的运用加大了对会计信息系统的内部控制的难度，使得人们对于由电算化会计系统产生的一系列的信息的质量感到担忧，甚至是提出质疑，从而在一定程度上制约了电算化会计系统的发展。电算化会计系统内部控制通常将其分为一般控制和应用控制，前者关系到所有电子数据处理行为，是关系电算化会计系统整体的控制。