【摘 要】
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为给杜仲SSR分子标记的选择提供参考依据,利用MISA软件对杜仲转录组序列进行了微卫星查找,共获得重复单元长度为1~6碱基的29 067个微卫星序列。分析这些微卫星序列后发现,在
【机 构】
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中南林业科技大学林学院,中南林业科技大学南方林业生态应用技术国家工程实验室,国家林业局泡桐研究开发中心
【基金项目】
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国家林业公益性行业科研专项(201304406);国家林业局软科学研究项目(2013-R09);湖南省自然科学创新研究群体基金(湘基金委字〔2013〕7号);城市森林生态湖南省重点实验室资助项目
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为给杜仲SSR分子标记的选择提供参考依据,利用MISA软件对杜仲转录组序列进行了微卫星查找,共获得重复单元长度为1~6碱基的29 067个微卫星序列。分析这些微卫星序列后发现,在杜仲转录组中,长度为二核苷酸的微卫星重复单元最为丰富,占43.7%;在单碱基重复和二碱基重复这两种类型中,最主要的优势重复单元分别是A/T和AG/CT;在三碱基、四碱基、五碱基重复类型中,(AAN)n、(ANAT)n、(AANAN)n分别为其对应的优势重复单元。杜仲转录组中,微卫星的频率随着微卫星总长度的增加而降低。
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