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目的应用分子生物学技术检测手足口病病原体EV71,为临床诊断提供依据。方法根据卫生部发布的《手足口病预防控制指南》(2008年版),收集2008年5月深圳市东湖医院收治的临床诊断为手足口病患儿的大便标本265份。应用RT-PCR技术检测手足口病病原体EV71,将RT-PCR产物测序并在GenBank进行比对分析以检测该方法的准确度。结果RT-PCR扩增到特异性EV71VP1区DNA片段,大便阳性率为24%。测序验证所得DNA片段是EV71VP1区基因,同时也验证RT-PCR准确度达70%(14/21)。结论RT-PCR检测手足口病病原体EV71可以应用于临床辅助诊断。