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目的：建立水飞蓟油脂肪酸的气相色谱指纹图谱，为水飞蓟油的科学评价及质量的有效控制提供新的方法。方法：采用氢火焰离子化检测器（FID），CP-FFAP色谱柱，程序升温的方式；水飞蓟油采用KOH／甲醇法甲酯化对其脂肪酸部分进行指纹图谱研究。通过GC—MS联用技术鉴定指纹特征峰，并分别用峰方式和全谱方式进行相似度分析。结果：建立了水飞蓟油GC法的指纹图谱，共标定了7个色谱峰。峰方式和全谱方式的指纹图谱各自相似度均高。结论：所建立的气相色谱指纹图谱具有较好的精密度和重现性，可作为水飞蓟油的质量控制依据。