随着矮砧密植苹果栽培模式在国内的迅速发展，自根砧苹果大苗的培育也开始逐渐规模化和标准化。与传统乔砧和中间砧育苗相比，自根砧育苗更注重苗木的质量与规范性，因此相应的配套设施也是自根砧育苗所必不可少的。为了满足客商不同时间和不同地区的供货要求，出圃后的苗木贮藏就显得极为重要，而国内传统育苗从未涉及到苗木贮藏环节，目前只有宝鸡华圣果业有限责任公司建立了国内首个专门的自根砧苗木贮藏冷库。
　　1 冷库贮藏苗木的作用
　　冬季11-12月份成品大苗已达到出圃标准，而苗木定植建园一般在春季的3-4月份，有的地区甚至在五一前后。由于自根砧大苗根系较浅，且分枝较多（宝鸡华圣公司自根砧大苗有效分枝6-12），冬季休眠后长时间在户外存在抽干风险，同时在春季低温开始回暖时，苗木容易打破休眠开始萌芽。这些都不利于苗木的定植成活。因此，冬季苗木出圃后将其存放在休眠的状态下是非常安全的措施。
　　2 苗木贮藏的技术指标
　　苗木进人休眠状态后根系依然在进行呼吸作用，一方面要保证苗木一直处于休眠状态，而且要防止苗木失水抽干。这样就要求苗木贮藏在一个有氧、低温和高湿的环境当中。一般苗木在0℃时可以保持处于休眠状态，为防止温度过低对苗木产生冻害，可将温度控制在0～1℃；环境中的空气湿度越高越好，一般要求保持在95%～99%，能达到100%最佳，且加湿系统以迷雾状为最佳，这样可以使苗木整体充分保湿。
　　3 冷库贮藏苗木的注意事项
　　（1）贮藏苗木的冷库必须是专用冷库，不能与贮藏果品的冷库共用，因为果品在贮藏过程中会释放大量的乙烯，而乙烯对苗木具有催熟作用，使苗木打破休眠，影响苗木贮藏质量。
　　（2）首次使用冷库以及在每年苗木进入冷库以前要对冷库进行消毒处理。常规的消毒措施有熏蒸法、喷雾法和辐射法，熏蒸法包括硫磺熏蒸和甲醛 高锰酸钾熏蒸，喷雾可用过氧乙酸等，还可以用臭氧消毒以及紫外线照射的方法。目前使用最广泛的是甲醛 高锰酸钾熏蒸（每米³高锰酸钾0.4克，纯甲醛2.1克，将高锰酸钾用纱布包好投入到盛有甲醛溶液的器皿中，封库48小时后通风至无味）。
　　（3）苗木贮藏的方式为货架式贮藏，打捆好的苗木平放在可以堆码的铁货架上，铁货架应根据冷库的尺寸和苗木的大小进行设计，一般为1.0米×1.0米×1.8米为宜，货架最高堆码四个，靠近风机制冷处应适当空出距离防止苗木冻伤。每排货架之间留有通风道，保证库内空气循环畅通。
　　（4）应在库内放置多个温湿度计，实时监控库内温湿度变化，预防库内温湿度指标异常影响苗木质量。
　　苹果自根砧苗木冷库贮藏在国内刚刚处于起步阶段，一些操作细节还应与生产者的实际情况相结合，最终逐步探索出符合中国苗木生产的苗木贮藏标准。