【摘 要】
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目的 蛋白转导域(PTD)是一类能携带分子穿越细胞膜的短肽,利用支持向量机对多肽片段PTD进行预测.方法 对来源于SwissProt数据库的多肽序列用68个特征值描述其整体和局部的理
【机 构】
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中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院
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目的 蛋白转导域(PTD)是一类能携带分子穿越细胞膜的短肽,利用支持向量机对多肽片段PTD进行预测.方法 对来源于SwissProt数据库的多肽序列用68个特征值描述其整体和局部的理化特性以及空间结构特征,利用支持向量机(SVM)和直推式支持向量机(TSVM)并结合聚类的方法进行PTD的预测.结果 5次交叉验证的结果显示,TSVM的预测准确率达到(94±4)%,SVM预测准确率达到(94±5)%.2种预测方法共同预测了1210个可能的PTD片段.结论 TSVM和SVM均显示了很好的预测性能,预测的PTD为实验方法有目的 地发现、确认PT提供了基础.
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