【摘 要】
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目的 建立基于Ion Torrent PGM平台的高苯丙氨酸血症(hyperphenylalaninemia,HPA)相关基因二代测序方法,以达到HPA早期病因诊断和鉴别诊断的目的.方法 选取3例致病突变已知的
【机 构】
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首都儿科研究所遗传室, 北京,100020;
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目的 建立基于Ion Torrent PGM平台的高苯丙氨酸血症(hyperphenylalaninemia,HPA)相关基因二代测序方法,以达到HPA早期病因诊断和鉴别诊断的目的.方法 选取3例致病突变已知的HPA患儿和1名正常对照个体为研究对象用于方法的建立;选取10例致病突变已知的HPA患儿用于方法的验证;通过AmpliseqTM多重PCR的方法扩增PAH、GCH1、PTS、QDPR和PCBD1基因的5 和3端非翻译区和编码区以及外显子与内含子的交界区域,经Ion OneTouchTM系统富集扩增子,最后应用Ion Torrent PGM测序仪对目标区域进行检测.所得数据采用Torrent Suite v2.2软件包进行分析处理.所有变异位点经Sanger测序验证.结果 用于方法建立的4份样本数据输出总量为94.22 Mb,约99.5％的读长位于目标区域.IonTorrent PGM共检测到变异位点74个(28种),其中已知的6个致病突变全部检出;其余变异位点经数据库检索和Sanger验证55个(18种)为多态位点,13个(4种)为假阳性位点.用于验证此方法的10例HPA样本中的所有已知致病突变均成功检出.结论 与常规Sanger测序技术相比,Ion Torrent技术从代谢通路层面筛查高苯丙氨酸血症的相关基因变异,可以满足个体化诊断和治疗的医疗需求.
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