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在微机继电保护中，需要应用的离散运算方法来实现故障量的测量、计算和故障判别，这些不同的运算方法就是不同的保护算法。几种基本的保护算法包括：序分量的滤序算法，基于正弦函数模型的算法，基于非正弦函数模型的算法。在基于非正弦函数模型的算法中包括全波傅里叶算法与半波傅里叶算法，本文对这两种算法进行了频率特性分析，通过MATLAB仿真实验，对比两种算法的优缺点。