为有效破解人多地少和粮食作物与经济作物争地的矛盾，近年来，我们探索和总结了棉田立体高效种植技术，如：小麦-菠菜-西瓜-棉花立体高效种植技术，西瓜-棉花-花生一年三种三收立体高效栽培技术等，我们充分利用土地及自然资源，在棉田综合效益上做文章，开辟了种植业结构调整增效的新路子。但是，在提高效益的同时，也带来了农产品质量安全问题。这些立体种植的作物，如棉花和西瓜、大蒜、土豆、洋葱等作物的套种，除棉花之外的收获产品，均为供人们直接或间接食用的。这些产品在防治棉花害虫时已被频繁喷洒农药所污染，人食后易引起中毒事故的发生，严重影响人民的身体健康。
　　目前，我国农业发展又跨入了一个新的阶段，由以注重数量为主向追求质量效益型转变，由以满足国内市场为主向满足国内国际两个市场转变，农产品质量安全已摆上了重要的议事日程。因此，棉田立体种植也必须符合这一新形势的需要才能健康发展。为更好的解决这个问题，我们在实践中总结了如下解决的方法。
　　一、对棉农强化无公害意識教育。必须呼吁各级农业、质监等部门通过各种宣传教育形式，尽快提高棉农无公害意识水平。
　　二、推广种植抗虫棉品种。减少棉田用药或利用抗性在套种作物收获后用药。据调查，抗虫棉与常规棉比，整个生育期间减少用药9—15次，节约用药60%—80%，每亩降低防治成本25—30元，减少治虫用工30—45个。
　　三、推广棉田隐蔽施药技术。棉田施药只有10%—20%是喷在棉株上，40%—60%落在其它作物或地面上，还有5%—30%漂浮在空气中。为了达到防病虫，不污染农产品的目的，我们尽量减少喷药次数，采用棉花药剂拌种、包衣、滴心、涂茎或施长效农药等隐蔽用药方法。根据试验用此法棉花苗期害虫40—60天不用喷药防治，大大减少了污染机会。
　　四、科学合理使用农药，做到四个坚持：（1）坚持病虫预测预报，准确指导病虫防治。（2）坚持综合防治，对达标棉田采用生物、物理、化学等方法进行综合防治。（3）坚持使用高效低毒农药或生物农药，对需要化防的田块进行防治，并做到不滥用农药。（4）坚持在蔬菜、瓜果等套种作物的安全用药期用药，一般在收获前15天停止施药。
　　五、平衡配方施肥。遵循“增施有机肥，稳施氮肥，适施磷肥，增施钾肥，补施微肥”的原则，根据作物品种和棉田肥力，搞好配方施肥，尤其要避免过多地施用氮肥而造成氮素在作物体内的过量积累，产生亚硝酸盐毒害。
　　六、科学安排茬口，缩短间套作物间的共生期，采取避害措施。提前播种间作作物，并选好品种，搞好株型和熟期的搭配，保证间套作物安全收获，应在7月中旬棉花用药高峰前收获，这样就可以减少间套作物的农药污染。
　　七、间作地下收获作物品种。为躲避农药污染，尽量选用那些地下收获作物模式，如棉花—土豆，棉花—洋葱，棉花—大蒜等，这样可以避免棉花用药直接对套种收获物的接触。