【摘 要】
:
目的:基于生物信息学技术对宫内生长受限(Intrauterine growth restriction,IUGR)的芯片数据进行基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)以及关键差异基因的免疫浸润分析并预测相关的作用中药。方法:从基因表达数据库(GEO)中获取GSE12216芯片数据,运用R软件筛选出差异表达基因(differentially expres
【基金项目】
:
国家自然科学基金面上项目(81973596); 河南省科技攻关(212102310341);
论文部分内容阅读
目的:基于生物信息学技术对宫内生长受限(Intrauterine growth restriction,IUGR)的芯片数据进行基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)以及关键差异基因的免疫浸润分析并预测相关的作用中药。方法:从基因表达数据库(GEO)中获取GSE12216芯片数据,运用R软件筛选出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。之后利用R包对数据集所有基因进行GSEA的基因本体论(Gene Ontology,GO)与京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes,KEGG)分析以及DEGs的GO及KEGG分析;通过String数据库构建DEGs蛋白交互作用网络并通过Cytohubba筛选关键基因;对关键基因进行ROC分析判断关键基因的诊断价值;通过单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)算法获得24种免疫细胞在IUGR的含量及比例进行分析;通过Spearman统计方法计算关键基因表达与免疫细胞浸润的相关性,并利用COREMINE数据库对免疫相关的关键基因进行中药预测。结果:共获得228个IUGR与正常胎盘的DEGs;GSEA结果显示IUGR样本的基因表达改变主要涉及趋化因子与受体以及溶酶体信号通路等过程;DEGs的GO和KEGG分析显示DEGs主要富集在肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway)、缺氧诱导因子1信号通路(HIF-1 signaling pathway)和Janus激酶/信号转导与转录激活子信号通路(JAK/STAT signaling pathway);Cytohubba共筛选出10个关键基因:CSF2、IRAK1、PTGS2、FLT1、CHUK、CXCL12、FOS、LEP、CXCL2以及RELB;ROC分析显示这10个基因均有较高的诊断价值;免疫细胞的浸润矩阵分析结果表明,在IUGR胎盘组织中自然杀伤T细胞(Natural killer T cell,NKT)以及单核细胞(Monocyte)变化显著。免疫浸润与关键基因的相关性分析发现CSF2、IRAK1、PTGS2、CHUK、CXCL12、CXCL2以及RELB7个基因与免疫浸润有相关性,对其进行中药预测发现,人参、黄芪与IUGR相关免疫浸润的关系最为密切。结论: NKT细胞与单核细胞在IUGR的发生发展中有着重要的作用;共鉴定出7个与免疫浸润相关的关键基因;人参以及黄芩可作为IUGR治疗的药物来源。
其他文献
以新疆伊犁昭苏县郁金香种球连作土壤为试验材料,采用高通量测序技术(Illumina Miseq 2x300 bp)和生物信息学分析方法,研究不同连作年限土壤微生物多样性,探究土壤微生物动态变化对郁金香种球连作障碍的影响,以期为有效预防郁金香连作障碍提供参考依据。结果表明:在不同连作年限的15份土样中,细菌共有2 305个OTU分类单元,主要隶属于35门317属,真菌共有831个OTU分类单元,主要
随着新课程的实施,国家关于考试命题提出了“创新试题形式,加强情境设计,注重联系社会生活实际,增加综合性、开放性、应用性、探究性试题”的明确要求。2022年1月浙江省普通高校招生选考科目考试思想政治试卷进行了初步实践,其中第13题在考查学生思想政治学科核心素养,尤其是必备知识、关键能力和高阶思维等三方面,进行了有益的探索,对命制适应新课程要求的思想政治试题有重要启示,对中学思想政治课教学落实新课程理
《分数乘法》这一单元,教材编排呈现整体关注知识内在联系、借助几何直观化抽象为具体、解题策略开放灵活等特点。教学中要做到把计算教学与解决实际问题的教学有机结合,使学生深度理解算理和算法,在分数乘法拓展中提高运算能力。
近年来,晚期消化道肿瘤西医治疗飞速发展,但其治疗仍存在生存期短、毒副反应大、患者生活质量差等短板。中医治疗强调整体观念、辨证论治,重视患者治疗后的满意度和生活质量改善指标,在改善肿瘤患者的临床症状、提高生存质量、延长生存期及减轻放射治疗、化学药物治疗的毒副反应方面独具特色。近年来笔者团队与北京中医药大学东直门医院、中国医学科学院肿瘤医院和人民大学统计学院合作,在晚期消化道恶性肿瘤中医优势人群特征及
<正>一、研究背景分数对小学生来说是非常重要的数学概念之一。分数的重要性表现为三个方面:第一是数学方面,分数概念是数学知识的重要组成部分,分数作为数概念的一部分对小学数学的学习具有不可替代的作用,对于后续整数和小数之间的衔接具有枢纽作用,更是后期更深层次学习的基础;第二是现实方面,有效掌握分数的内容可以提高学生解决实际问题的能力;第三是心理方面,
将轧件塑性变形轧制压力计算与十二辊轧机辊系弹性变形的MSC. MARC有限元计算相结合,建立了十二辊轧机轧制薄带的板凸度控制的计算方法。通过预设轧件板凸度计算的轧制压力以及在该轧制压力作用下1400 mm十二辊轧机辊系之间的弹性变形迭代计算,确定了轧机中间辊单侧锥度变化对ST12薄带板凸度、辊系之间的压力分布以及工作辊位移影响规律,同时通过优化计算辊系的中间辊单侧锥度变化,使该轧机轧制的ST12薄
目的 将品管圈活动应用于骨科创伤患者下肢深静脉血栓(DVT)的预防,以降低患者DVT发生率。方法选取科室2019年2—4月住院患者236例为对照组,计算DVT发生率,并对DVT预防中存在的问题进行调查分析,提出改进措施,并给予实施,再调查2019年5—7月住院患者241例为试验组,计算其DVT发生率,对两组患者DVT发生率进行比较。结果 通过品管圈活动后,DVT发生率由对照组的6.78%下降至试验
采用色谱分离方法从延胡索分离出12个生物碱化合物,经核磁共振数据鉴定分别是四氢小蘖碱、巴马汀、延胡索乙素、去氢紫堇碱、异紫堇球碱、四氢非洲防己胺、d-紫堇碱、四氢黄连碱,海罂粟碱、脱氢海罂粟碱,普鲁托品。同时以蛋白COX-2、1S1R和1DVX为靶标,采用分子对接技术模拟化合物与蛋白结合,计算结果表明12个生物碱化合物与抗炎蛋白COX-2、1S1R、1DVX均有较强的亲和力,为延胡索的开发利用奠定
目的:探讨miR-383-5p靶向调节ZEB2对食管癌细胞增殖、侵袭及间质转化的影响。方法:RT-PCR验证miR-383-5p过表达效率;荧光素酶报告基因实验;Weste blot检测ZEB2的表达;CCK8检测细胞增殖;Transwell检测细胞侵袭;WB检测内皮生长因子(VEGF)的表达;WB检测上皮间质转化相关蛋白的表达(E-cad、N-Cad)。结果:初步确定miR-383-5p可靶向作