目的:评价新医改实施第二阶段基层医疗机构合理用药指标及处方行为改善情况,为医改实施效果评估提供参考。方法:在四川省内选取13家乡镇卫生院、7家社区卫生服务中心基层医疗卫生机构,抽取2013-2015年1、4月门诊处方共3397张,采用世界卫生组织(WHO)合理用药调研方法与指标进行分析评价。结果:20家基层医疗卫生机构在2013、2014、2015年的处方平均费用(元)分别为27.81、31.20、34.93,呈逐年增加趋势,低于参考标准;平均处方药品数分别为2.998、3.102、3.035,高于参考标准;通用名使用率分别为99.46%、98.18%、99.53%,低于参考标准;处方基本药物比例分别为90.63%、94.49%、94.84%,低于参考标准;抗菌药物处方率分别为49.76%、48.18%、46.80%,呈逐年下降趋势,但仍高于参考标准;注射剂处方率分别为17.31%、25.00%、17.34%,基本符合参考标准,但社区卫生服务中心高于乡镇卫生院;激素处方率分别为9.555%、9.635%、10.10%,基本符合参考标准,但乡镇卫生院高于社区卫生服务中心。结论:新医改实施后基层医疗机构合理用药水平有所提高,但仍然存在不合理和不规范行为,需采取措施加强监管。