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荧光的探测灵敏度是生物芯片扫描仪的一个重要指标,它取决于入射到光探测器(PMT或CCD)上的荧光强度及光探测器自身的探测能力.在理论上,荧光染料的发射强度与其消光系数、量子效率、荧光寿命及激发光强度有关.结合具体的设计参数,计算得到激光共聚焦生物芯片扫描仪针对Cy3荧光染料的探测灵敏度为每平方微米2.89个荧光分子,而实验得到的探测灵敏度为每平方微米4.49个荧光分子.研究表明,提高探测灵敏度的措施是合理增大激光功率、尽可能增大f-θ物镜的数值孔径、提高光电倍增管的探测下限.