1937年8月5日，因抗日战争爆发，震旦大学和广慈医院（瑞金医院前身）响应上海各慈善团体联合会号召，预备作为收容及疗养处，并拟组织救护队派赴前方工作。上海各界慷慨捐助，购置急救用的外科医疗器械与药品。

　　然而一周后，“八一三”淞沪抗战爆发，上海陷入战火之中。1937年8月14日下午2时许，两颗炸弹落在大世界附近，当场炸死561人，受伤1000多人。100余名伤员被送到广慈医院，经抢救大部分得以救治。虽然时值暑假，震旦大学的师生还是闻讯赶回医院，教授们及医学生们为伤员包扎伤口、取出子弹或手术截肢。
　　1937年9月开始，历时8个月，震旦大学医学院宋国宾教授和法国天主教神父饶家驹在大礼堂和操场设立难民所，广慈医院众多医务人员参与到救治伤病员的工作中去，当时共收容难民伤员1424人。广慈医院与安当医院分设伤兵医院，共有床位500张，直属中国红十字会，称为第三救护医院，院长先后由震旦校友孙逵方和吴云瑞医师担任。第三救护医院全院有医生30人，义务服务，不支薪给。经费由中国红十字会每月拨给津贴1000元，后因经费告缺，乃向社会募捐。教会派修女30人参加服务。随后广慈医院成为战地医院，外科处理了不少战伤而闻名沪上，外科主任徐宝彝被任命为广慈战地医院院长。
　　1941年，太平洋战争爆发后，日军侵入法租界，广慈医院被日军强行占领，一座篱笆把医院一分为二，新建的两栋病房楼（二舍和三舍）为日军野战医院，老房子为“广慈医院”，直至1945年日本战败投降。因为害怕日军的戕害，来医院就诊的病人越来越少，年轻的修女们纷纷回国，一些医生也迫于生计辞职谋生。原在广慈医院内开展工作的牙医系门诊被迫迁往巴斯德研究所（现为预防医学科学院寄生虫研究所）。