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棉花苗期病害主要有立枯病、炭疽病、红腐病、猝倒病、黑斑病、褐斑病、枯萎病等。从播种到出苗后的整个苗期均可遭受多种病菌侵染，但其中又以立枯病、炭疽病为主，多种病害混合发生。苗期病害造成了烂籽、烂芽、烂根、茎腐。严重时出现死苗，造成缺苗断垄。在枯萎病重发区如气温骤升，棉花因维管束发生病害而极易引发青枯死苗。