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转录组学是一门在整体水平上研究细胞中基因转录情况及转录调控规律的学科.对活细胞所转录的所有RNA进行分析是研究细胞表型和基因功能的一个重要手段.文章在扼要介绍转录组学特点及相关技术的基础上,对其近年来在动物寄生虫研究中的应用进行了全面综述,分析了动物寄生虫转录组学研究中面临的问题与挑战,并对未来动物寄生虫转录组学研究趋势进行了展望,以期为今后系统研究基因、RNA、蛋白质和其他小分子间的相互作用和相关系统机制提供新思路,为寄生虫疾病的相关研究提供参考.