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科学构建高校课程思政与思政课程同向同行机制是一项复杂的系统工程。当前高校课程思政与思政课程同向同行机制建设工作因缺乏系统设计，出现了组织管理机制缺乏整体规划、课程建设机制缺乏关联性、教师育人机制不协同、评估评价机制多元性不足等问题。系统思维具有整体性、关联性、协同性、多元性等系统性特征，在系统思维指导下，通过构建上下联动的多层级管理机制、左右联动的课程互动机制、专业教师与思政教师协同育人机制、多维度的评估评价机制，可以有效促进高校课程思政与思政课程同向同行，增加课程立德树人效能。